生信分析FAQ汇总

• • 请问什么网站可以比对抗体可变区重、轻链序列呀？

  要比对抗体可变区的重链和轻链序列，可以使用一些专业的生物信息学工具和数据库。这些平台不仅能帮助你进行序列比对，还能提供抗体相关的结构和功能信息。这里介绍几个常用的网站和工具。

• • 鉴定完肽序列后怎么确定肽段是属于哪一种前体蛋白？或者说用什么软件可以分析？

  鉴定肽序列后，可以通过在已知蛋白质数据库中进行匹配搜索，并利用Mascot、Proteome Discoverer、MaxQuant、PEAKS和Sequest等生物信息学软件，结合适当的匹配和过滤参数，来确定肽段所属的前体蛋白，并通过多种工具和实验验证结果以确保鉴定的准确性和可靠性。

• • KEGG差异代谢产物通路分析如何去确定富集到这个通路上的基因就是需要通路呢？如何去判断这个基因上调或下调的变化对这条通路的影响？

  在KEGG差异代谢产物通路分析中，通过高通量测序筛选出差异表达的基因，并进行通路富集分析。结合文献和数据库资料以及实验验证，确认这些基因在通路中的作用。使用分析工具和动态模型评估基因表达变化对通路的影响，并通过实验数据进行验证。综合考虑上下游基因与代谢物的关系，结合多组学数据和具体的生物学背

• • 请问我的蛋白组kegg富集p值全大于0.1，请问我该怎么解决这个问题呢?

  在蛋白组KEGG富集分析中，若P值全大于0.1，可通过增加样本数量、提高数据质量、选择合适的背景数据库、尝试不同统计方法、调整显著性阈值，并结合多组学数据进行综合分析和可视化，来提高检测敏感性和结果显著性。

• • 为什么我的kegg都是疾病而不是通路？

  KEGG搜索结果显示疾病而不是通路，可能有以下原因，你可以重新检查这些方面来解决问题。1.查询关键词：如果你的输入关键词中包含了大量与疾病相关的基因或蛋白质，那么在KEGG分析中可能会更容易匹配到疾病相关的通路和条目。比如，如果你的数据集来自肿瘤样本，那么这些基因很可能与癌症相关的通路关联更

• • 化学计量法，主成分分析、偏最小二乘怎么绘图？不用编程的方法

  要进行化学计量学中的主成分分析（PCA）和偏最小二乘回归（PLS）的绘图，而不使用编程，你可以选择使用专业的数据分析软件，如 Origin 或 Minitab，这些软件提供直观的用户界面和丰富的图形选项。以下是使用这类软件的基本步骤：   一、使用 Origin 绘制 PCA 和 PLS 图

• • 我想询问化学计量法，主成分分析、偏最小二乘的原理以及怎么绘图？

  在化学计量学中，主成分分析（PCA）和偏最小二乘回归（PLS）都是关键的数据分析工具。以下是这两种技术的原理和绘图方法：一、主成分分析（PCA）1. 原理：PCA 通过正交变换将可能相关的变量转换为一组线性不相关的变量，称为主成分。它的目标是找出数据中方差最大的方向，并在这些方向上投影数据，

• • 抗原表位分析：请问怎么在genebank上查找表位？

  在GenBank上查找特定的抗原表位信息，可以通过以下步骤进行：   1.访问GenBank网站： 打开NCBI的GenBank页面。   2.搜索序列： 在搜索框中输入你感兴趣的基因或蛋白质的名称或访问号。如果知道特定的序列ID或关键词，也可以直接使用。   3.查看序列记录： 在搜索结果

• • 请问KEGG注释怎么做？

  KEGG注释主要是指利用KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库对基因组、蛋白质组或代谢物组数据进行功能注释的过程。这一过程包括以下几个关键步骤：   1.序列比对： 将你的基因或蛋白质序列与KEGG数据库中的序列进行比对，通常使用BL

• • 基因输入string后得到蛋白互作网络，再把string导入cytoscape筛选核心蛋白，筛选出来的是蛋白还是基因？

  一、筛选出来的是蛋白还是基因？ 在Cytoscape中使用工具（如CytoHubba）筛选出的结果通常是基因名称。这是因为STRING数据库提供的蛋白互作网络的数据一般会在分析过程中被转化为基因符号来表示。  二、筛选需要的KEGG通路 在DAVID富集分析结果中，你可以按照下面的步骤筛选