基因输入string后得到蛋白互作网络，再把string导入cytoscape筛选核心蛋白，筛选出来的是蛋白还是基因？

基因输入string后得到蛋白互作网络，再把string导入cytoscape筛选核心蛋白，筛选出来的是蛋白还是基因？用DAVID富集KEGG通路后，如何筛选氧化应激相关通路？ 

 

一、筛选出来的是蛋白还是基因？

在Cytoscape中使用工具（如CytoHubba）筛选出的结果通常是基因名称。这是因为STRING数据库提供的蛋白互作网络的数据一般会在分析过程中被转化为基因符号来表示。

 

二、筛选需要的KEGG通路

在DAVID富集分析结果中，你可以按照下面的步骤筛选与氧化应激相关的通路：

1.查找相关通路：

• 查看富集结果中每条KEGG通路的名称和描述。
• 查找与氧化应激相关的关键词，如“oxidative stress”、“antioxidant”、“ROS（reactive oxygen species）”、“Nrf2”、“mitochondria”等。

 

2.评估通路显著性：

• 查看每条通路的P值和富集分数（Enrichment Score）。
• 选择P值显著（一般P < 0.05）的通路。

 

3.确认通路相关性：

• 点击具体通路查看包含的基因，确认这些基因是否与氧化应激相关。
• 使用文献或其他数据库进一步确认这些通路与氧化应激的关联。

 

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