生信分析FAQ汇总

• • 分析蛋白质质谱测序数据时，有没有什么简单方法可以处理Excel中缺失的原始数据？

  以下是几种可以在Excel中处理缺失数据的简单方法，这些方法可以帮助改善数据质量，提升分析结果的准确性。

• • 我在Proteomediscoverer上进行质谱解析，为什么显示覆盖率是0，但是点进去详细细节的时候却是有覆盖率的？

  在使用 Proteome Discoverer 进行质谱数据分析时，出现“覆盖率为0”但查看详细信息时却发现有覆盖率的情况，通常与软件的数据显示方式、结果的筛选标准、或者与数据的解析步骤有关。以下是一些可能的原因及解决方法：

• • 高分辨质谱图中离子质荷比大小和丰度是否与其测量误差有相关性？

  高分辨质谱图中，离子的质荷比 (m/z) 和丰度确实与其测量误差存在一定的相关性。这种关系源于质谱仪的工作原理和测量限制，具体分析如下：

• • 请问筛选出差异代谢物怎么做kegg分析？

  在生物医学研究中，KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）分析是一个常用的代谢物和基因组功能注释工具，尤其适用于代谢物差异分析。筛选出差异代谢物后，使用KEGG分析可以帮助理解它们在代谢通路中的功能和作用。下面是进行KEGG分析的一般步骤：

• • 想通过患者外周血找差异miRNA，请问该怎么处理样本呢？选择哪种测序方法呢？

  通过患者外周血寻找差异miRNA是一项复杂的实验，需要从样本处理到测序方法的选择进行全面的规划。以下是详细的步骤和建议：

• • 请问测小鼠血生化指标血清可以-80放多久？

  在实验室条件下，小鼠血清样本在-80°C低温冰箱中储存时，可以稳定保存较长时间而不显著影响大多数血清生化指标的准确性。以下是具体说明：

• • 根据生长曲线来看初始浓度107~108CFU/ml，培养2小时左右，细菌的吸光度值还没发生什么变化，那怎么收集目的细菌量呀？

  在细菌培养的滞后期（Lag phase），即培养初始的2小时左右，细菌细胞主要在适应环境，细胞数量和吸光度（OD值）变化不明显。这时尚未进入对数增长期（Log phase），如果要收集足够的细菌量可以采取以下策略：

• • 请问SILAC稳定同位素标记可以在普通实验室进行吗？

  SILAC（稳定同位素标记细胞培养）在普通实验室可行，但有一定限制。

• • 采了人的粪便后续要做小鼠粪菌移植，请问可以直接把采集管冻存到-80嘛？还是需要加甘油之类的东西冻存呢？

  在进行小鼠粪菌移植（FMT, Fecal Microbiota Transplantation）实验时，粪便样本的冻存和处理对微生物群落的存活及后续移植效果至关重要。直接将采集管冻存到-80°C可能会导致肠道菌群细胞的活性和多样性下降，因此通常需要采取一定的保护措施来维持微生物的活性和完整性

• • 做寡糖样品，液相质谱怎么摸索条件？

  在做寡糖样品的液相质谱（LC-MS）分析时，优化实验条件是关键步骤之一。优化液相质谱（LC-MS）分析寡糖样品的条件涉及色谱条件、质谱参数、样品处理等多个方面。通过调整色谱柱选择、流动相成分、梯度程序等，优化分离效果；通过调节质谱离子源的电压、温度、碰撞能量等参数，提高离子化效率和碎片化的质