生信分析FAQ汇总

• • 做寡糖样品，液相质谱怎么摸索条件？

  在做寡糖样品的液相质谱（LC-MS）分析时，优化实验条件是关键步骤之一。优化液相质谱（LC-MS）分析寡糖样品的条件涉及色谱条件、质谱参数、样品处理等多个方面。通过调整色谱柱选择、流动相成分、梯度程序等，优化分离效果；通过调节质谱离子源的电压、温度、碰撞能量等参数，提高离子化效率和碎片化的质

• • 过表达的co-ip细胞样品，收了之后可以冻-80，之后做么？

  过表达的Co-IP（共免疫沉淀）实验样品在细胞收集后是否可以冷冻保存（-80℃）取决于实验的具体要求和样品的性质。以下是关键要点：

• • 请问BD CBA和luminex优势和区别是什么？

  BD CBA（Cytometric Bead Array）和Luminex是两种基于微球（beads）的多重分析技术，用于检测生物样品中多种蛋白质（如细胞因子、化学因子、抗体等）。它们的优势和区别主要体现在技术平台、检测机制、灵敏度、操作流程和应用场景上。

• • 空间转录组测序是三维数据还是多个切片的二维数据？

  空间转录组测序本质上是多个切片的二维数据，但可以通过一定的实验设计和数据处理将这些二维数据整合为三维信息，这种整合依赖于切片的连续性和空间标注。

• • 完成待测物鉴定后，怎么去把它归属到不同的种类呢?即怎么批量查询这些代谢物属于什么种类？

  在完成待测物鉴定后，将其归属到不同的种类（如脂类、氨基酸、糖类等）是代谢组学数据分析的重要步骤。为了实现批量查询，可以结合代谢物分类数据库和自动化工具来高效完成。以下是推荐的步骤和方法：

• • 在样品保存方面，请问粪便和肠内容物在-80°可以保存多久呢?我的样品放了一个月是不是最好不用了呀？

  粪便和肠内容物在-80°C可保存较长时间，其适用性取决于实验目标。微生物DNA通常稳定，可保存6个月至1年，RNA则较易降解；代谢物在1个月内较为稳定，但脂质和挥发性物质可能变化；蛋白质和酶活性建议1个月内使用。如果样品保存一个月且未反复冻融，通常仍可用于微生物DNA提取或代谢物分析，建议检

• • 粪便和肠内容物在-80°C能保存多久？存放一个月的样品还能用来分离菌群吗？

  粪便和肠内容物在-80°C下可保存6个月至1年，使用保护剂（如甘油或DMSO）可延长活菌存活时间。存放一个月的样品通常可用于菌群分离，但未加保护剂时，低温敏感菌（如厌氧菌）存活率可能降低。建议添加保护剂并尽快培养目标菌群以确保分离成功率。

• • 生物信息学中如何批量获得多个物种所有已知序列蛋白的UniProtID?

  生物信息学在生物学研究、疾病治疗等方面都发挥着巨大的作用。一个主要的应用就是获取和分析序列蛋白数据，有时候我们可能需要从不同物种获取大量的蛋白序列，这时候就需要使用到UniProt数据库。对于如何批量获得多个物种的所有已知序列蛋白的UniProtID，可以按照以下步骤操作：

• • 请问GC-MS同一物质在不同保留时间出现了该怎么处理呀？

  在GC-MS实验中，如果同一物质在不同保留时间出现，可能是由于样品含有异构体或降解产物、气相色谱柱老化或污染、仪器流速或压力不稳定、温度程序设置不合理、或数据处理不当所致。针对这些问题，可通过检查样品化学性质、清洗或更换色谱柱、校准仪器流速与压力、优化温度程序，以及仔细检查质谱数据等方式进行

• • 可以提供一份详细的proteome discoverer软件的安装教程和使用教程吗？

  Proteome Discoverer 是Thermo Fisher Scientific公司推出的用于质谱数据分析的专业软件，广泛应用于蛋白质组学研究，特别是在定量分析、蛋白质鉴定、后处理分析等方面。以下是详细的安装和使用教程。