请问我的蛋白组kegg富集p值全大于0.1，请问我该怎么解决这个问题呢?

蛋白组KEGG富集分析中，P值全大于0.1，表明在所研究的蛋白质中，没有发现显著富集的KEGG通路。这可能是由于以下几种原因：

1. 样本量不足：样本量过小可能导致统计功效不足，难以检测到显著的富集通路。
2. 蛋白质列表的质量：输入的蛋白质列表可能不够准确或不具代表性。
3. 背景基因集选择：选择的背景基因集可能不适合，导致富集分析结果不显著。
4. 生物学原因：在特定的生物学背景下，确实没有显著富集的通路。

 

可采取的办法有：

一、增加样本数量

增加生物学重复数量（至少3-5个），以提高统计功效。每个重复的蛋白质浓度应在1-2 mg/mL之间。

 

二、改善数据质量

1、蛋白质提取和鉴定

为确保蛋白质提取过程中的纯度和质量，使用高效的蛋白质提取试剂（如RIPA缓冲液），提取后通过BCA蛋白定量试剂盒进行定量。

 

2、质谱分析

使用高分辨率质谱仪如Q Exactive HF-X（Thermo Fisher）。每次进样量为1-2 µg，总共进行3-4次技术重复。

 

三、数据处理与分析

1、背景数据库选择

确保使用的背景数据库是与实验物种和条件匹配的最新版本

• 工具：UniProt或KEGG数据库。
• 方法：在进行富集分析前，下载最新的物种特异性背景数据库。

 

2、统计方法

尝试不同的统计分析方法以提高敏感性，如Fisher’s exact test或GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）

（1）工具：使用DAVID或GSEA软件。

（2）步骤：导入蛋白质列表和对应的表达量数据，选择合适的统计方法进行分析。

 

四、调整显著性阈值

在富集分析软件中调整p值阈值，适当放宽显著性阈值至0.05。

 

五、组合多种数据

结合多组学数据（如RNA-Seq或代谢组学数据），使用Integrative Genomics Viewer (IGV) 或 Cytoscape 进行综合分析和可视化，增加检测的敏感性。

 

 

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