多组学分析FAQ汇总

• • 植物进行冰冻切片后还能提取RNA，进行转录组测序吗？

  植物样本在经过冰冻切片处理后理论上仍然可以提取RNA进行转录组测序，但确实存在一些额外的挑战和限制。以下是在这种情况下需要特别注意的关键点： 1.RNA降解： 冰冻切片过程可能会对组织造成一定的应激，这可能激活某些RNases，导致RNA降解。此外，如果切片在切割后未能立即适当存储（例如，

• • 转录组测序中的reads翻译回来是啥？

  在转录组测序中，“reads”是一个非常基本的术语，指的是通过测序平台从DNA或RNA样本中获得的短序列片段。 当你对一个样本（如转录组，即所有RNA的集合）进行测序时，现代的测序技术并不是读取整个单一的长DNA或RNA分子。相反，它们通过一系列复杂的步骤破碎原始的生物分子，并从这些较小的

• • 扩增子测序中16S、18S和ITS的区别及应用范围是什么？

  16S和18S是指细菌和真核生物的小亚基核糖体RNA基因，它们在细胞中起到编码蛋白质的功能。ITS是指内转录间隔区（Internal Transcribed Spacer），是真菌和其他真核生物的核糖体RNA基因中的非编码区域。 一、16S、18S和ITS的区别是什么？ 1.16S和18

• • 若关注环境中的真核微生物多样性，18S测序和ITS测序哪个更好？

  在选择18S测序还是ITS测序时，需要考虑以下因素： 如果研究目标是对广泛的真核微生物群进行较高阶元的多样性和丰度评估，18S rRNA基因测序可能更适合。 如果目标是详细研究特定群体（如真菌）在物种或株级别的多样性和鉴定，那么ITS测序可能更有优势。 百泰派克生物科技--生物制品表征

• • 求助：真菌测序ITS和18S有哪些区别？

  ITS是真菌基因组中的一个高变区域，位于真核生物的核糖体基因组中的18S-5.8S-28S rRNA基因间区域。ITS序列通常包括ITS1和ITS2两个子区域，它们之间由5.8S rRNA序列连接。 18S rRNA是真菌核糖体基因组中的一个保守区域，它在真核生物中广泛存在，用于构建系统发

• • 土壤微生物群落怎样看菌群差异（比如说某种菌群消失或者新增）用哪种方法看，比较？

  研究土壤微生物群落的差异可以采用多种方法，包括高通量测序技术、生物芯片技术、实时荧光定量PCR、培养和鉴定以及功能基因组学等。 如果您的目标是全面了解土壤微生物群落的变化，包括菌群的消失或新增，并且您希望获取尽可能多的信息，我建议使用“宏基因组测序（Metagenomics）”。因为宏基因

• • 扩增子测序能否检测未知真菌，或是不常见菌？

  扩增子测序是用于研究微生物群落的组成和多样性的一种常用方法，它通过扩增和测序特定的基因片段（如16S rRNA基因或ITS区域），来鉴定和分类微生物。 扩增子测序的鉴定和分类依赖于已有的数据库，其中包含了大量已知的微生物序列信息。如果目标真菌或不常见菌的序列在数据库中不存在或非常罕见，那么

• • 转录组测序AT分离是什么原因呢？

  在转录组测序（如RNA-seq）中，如果观察到AT分离现象，即高比例的腺嘌呤（A）和胸腺嘧啶（T）而低比例的鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C），可能是由多种原因引起的： 1. GC含量偏低： GC含量是指DNA或RNA序列中G和C的比例。在转录组测序中，如果待测样品的GC含量较低，那么在测序过程中

• • 转录组测序后怎么进行后续筛选？

  当进行转录组测序后，我们通常会得到大量的转录组数据。为了从这些数据中筛选出有意义的信息，我们可以采取以下步骤进行后续筛选： 1. 数据质控： 首先，我们需要对测序数据进行质控，以确保数据的准确性和可靠性。包括检查测序质量得分、去除低质量的碱基、去除接头序列和过滤掉含有未知碱基的reads等

• • 想送肺炎支原体患儿肺泡灌洗液的转录组学，但pbs长菌了，对样本结果有影响吗？

  当我们讨论实验样本的准确性和可靠性时，任何的污染都是不可接受的。在你提到的情况下，肺泡灌洗液的样本中PBS（磷酸盐缓冲溶液）的细菌污染可能会对转录组学分析的结果产生显著影响： 1.基因表达的干扰： 细菌的RNA可能会与患儿的RNA混合，导致在后续的RNA测序中，我们无法区分哪些RNA来自患