多组学分析FAQ汇总

• • 请问无参转录组有没有确定的基因信息包含外显子位置，能用来设计引物的那种文件呀？

  无参转录组（De novo Transcriptome Assembly）由于没有参考基因组，因此无法直接提供基因的外显子位置信息。然而，基因信息的可用性取决于后续的分析步骤。以下是几种可能包含用于引物设计信息的文件：

• • 冻干后的样品可以提RNA吗?

  冻干后的样品是可以提取RNA的，但在提取过程中需要注意一些问题。冻干（lyophilization）过程通常会去除样品中的水分，这可能会对细胞结构和RNA的完整性造成一定影响。因此，提取RNA时需要特别小心，确保RNA的质量不受损。

• • 请问我送测的转录组学在ncbi上选择的第一个参考基因组，拉丁名是一样的，但是比对率只有60%，这样可以用吗？还是建议选择无参？

  在转录组学分析中，选择合适的参考基因组对结果的可靠性和生物学意义至关重要。如果比对率只有60%，这说明可能存在以下问题：

• • 细菌初始浓度是多少开始加药孵育收集转录组样本，转录组的初始细菌浓度和抑菌实验的初始细菌浓度是一致的吗?

  在细菌学研究中，转录组实验和抑菌实验的初始细菌浓度有一定的区别，具体取决于实验的目的和研究重点。

• • 在没有确定通路的情况下，无参转录组数据怎么筛选差异基因呢？

  在未确定特定通路的情况下，通过无参转录组数据筛选差异基因需要遵循以下步骤和策略，以确保分析结果具有生物学意义和可信度。

• • 没有内参基因可以直接做RNA-seq的qpcr验证吗?

  虽然传统上使用内参基因进行qPCR归一化是验证RNA-seq数据的标准方法，但在特定情况下，没有内参基因也可以通过替代方法进行qPCR验证。然而，这需要慎重设计实验，严格控制实验条件，并充分考虑数据分析和解释中的潜在变量。

• • 请问非蛋白可以用maldi tof测分子量吗？

  非蛋白分子是可以通过MALDI-TOF质谱（基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱，Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry）进行分子量分析的。MALDI-TOF不仅用于蛋白质分析，也广

• • 请问分析链球菌对大环内酯类抗生素的耐药机制可以做哪些多组学整合分析项目啊？怎么从多组学分析中选择组合对其进行整合分析呢？

  要分析链球菌对大环内酯类抗生素的耐药机制，可以通过以下多组学整合分析项目来解析耐药性背后的分子机制。选取合适的多组学组合，可以从各层面构建耐药性机制的完整图景。

• • 在真核无参转录组测序中，无参做引物设计可以用ORF预测出的序列文件吗？

  在真核无参转录组测序中，ORF预测序列可为引物设计提供初步指导，但通常需进一步验证。建议结合转录组组装工具（如Trinity、SPAdes）完善转录本背景信息，并通过数据库比对（如NR、Swiss-Prot）验证ORF的准确性，以确保引物特异性和扩增效果。此外，如果有特定目标基因的功能区域或

• • 转录组测序一定能测出差异基因吗?

  转录组测序（RNA-seq）是一种强大的工具，能够测量基因在特定条件下的表达变化，从而有可能检测到差异基因。然而，转录组测序不一定总能测出差异基因，其主要依赖于样品处理、测序深度、数据分析及统计方法等多种因素。