土壤微生物群落怎样看菌群差异（比如说某种菌群消失或者新增）用哪种方法看，比较？

研究土壤微生物群落的差异可以采用多种方法，包括高通量测序技术、生物芯片技术、实时荧光定量PCR、培养和鉴定以及功能基因组学等。

如果您的目标是全面了解土壤微生物群落的变化，包括菌群的消失或新增，并且您希望获取尽可能多的信息，我建议使用“宏基因组测序（Metagenomics）”。因为宏基因组测序分析土壤样本中所有微生物的遗传物质，提供关于存在于样本中的微生物种类和它们的基因功能的详细信息。此外，不同于针对特定种群的方法（如qPCR或16S rRNA基因测序），宏基因组测序可以揭示已知和未知的微生物，这对于发现新的或不常见的微生物种群至关重要。

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