蛋白分析FAQ汇总

• • 在蛋白质三级结构预测中，核酸序列翻译过来的蛋白质序列里有X，请问这种情况怎么解决呢？网页模型预测可以直接把X删掉吗？

  在蛋白质三级结构预测中，蛋白质序列中的 "X" 代表未知或未确定的氨基酸，直接删除 "X" 可能会影响结构预测的准确性。

• • 请问怎么将蛋白质的肽段拼凑成完整的序列呢？

  在蛋白质研究中，肽段的拼接（peptide assembly）是将质谱、酶解或其他实验方法得到的多个蛋白质片段（肽段）重新组装为完整蛋白序列的过程。这个过程通常涉及生物信息学工具和算法，以下是具体的操作步骤和方法：

• • 请问肽段活性怎么分析呀？

  分析肽段活性通常涉及对肽段的生物活性进行评估或分析，这可以通过多种方法进行，具体取决于你要分析的肽段类型（如酶促反应、受体结合活性等）。以下是一些常见的分析肽段活性的方法：

• • 请问怎么根据LC-MS进行定量分析呢？或者说定量是什么意思呢？

  LC-MS（液相色谱-质谱联用技术）定量分析是通过液相色谱分离样品中的成分并利用质谱进行检测和定量的一种分析方法。定量分析的核心目的是通过已知的标准物质或已建立的标准曲线，计算待测物质的浓度。

• • 请问waters-TQS的mrm模式操作步骤是怎样的？

  Waters Xevo TQS (Triple Quadrupole Mass Spectrometer) 在 MRM (Multiple Reaction Monitoring) 模式下的操作步骤如下：

• • 请问蛋白质组学测序同一样品需要设置多个重复吗？

  在蛋白质组学测序中，即使对同一样品进行分析，设置多个重复（包括技术重复和生物重复）是必要的。在蛋白质组学实验中通常会采用生物学重复和技术重复两种方式。

• • 请问western电泳液可以重复用吗？和新的电泳液比有什么区别？

  Western电泳中的电泳液（通常指的是分离胶和浓缩胶的电泳缓冲液）不推荐重复使用，但是否能重复使用以及重复使用后的效果如何取决于多个因素。

• • 请问转录本序列可以直接设计引物吗？

  转录本序列（mRNA序列）是通过基因的转录生成的，可以作为引物设计的基础，但设计引物时需要考虑一些重要因素。

• • 请问有没有预测蛋白甲基化位点的网站？

  在蛋白质甲基化位点预测方面，以下工具和数据库较为常用，适用于不同研究需求：

• • 请问DeNovo only peptides和DB peptides两个表有什么区别啊？

  在蛋白质组学的质谱数据分析中，DeNovo only peptides和DB peptides是两类不同的肽段鉴定结果，核心区别体现在以下三点：