请问DeNovo only peptides和DB peptides两个表有什么区别啊？
在蛋白质组学的质谱数据分析中，DeNovo only peptides和DB peptides是两类不同的肽段鉴定结果，核心区别体现在以下三点：
一、鉴定方法
1、DB peptides（Database peptides）
依赖已知的蛋白质数据库进行匹配（如UniProt/Swiss-Prot），通过比对实验质谱峰与数据库中理论谱峰的相似性完成鉴定。这类肽段属于“已知序列”，直接指向数据库中已有记录的蛋白质。
2、DeNovo only peptides
完全基于De novo测序技术，直接从质谱数据推导肽段序列，无需依赖任何数据库。这些肽段可能来源于以下情况：
（1）未被收录的新颖序列（如新基因产物、突变或可变剪接形式）；
（2）数据库搜索参数（如修饰、酶切特异性）设置不匹配导致漏检；
（3）质谱质量不足或信噪比低，导致数据库搜索算法无法可靠匹配。
二、数据库依赖性
1、DB peptides
存在“数据库偏好性”，仅能发现数据库内已注释的序列，对未知或非经典修饰（如稀有翻译后修饰）的灵敏度低。
2、DeNovo only peptides
绕过数据库限制，可揭示传统方法遗漏的序列，尤其适用于非模式生物、突变检测或新蛋白发现场景。但其可靠性依赖于De novo算法性能（如PEAKS、Novor）及质谱数据质量（高分辨率MS/MS数据更优）。
三、后续验证需求
1、DB peptides
通常经过统计学验证（如FDR控制），可靠性较高，可直接用于定量或功能分析。
2、DeNovo only peptides
需要额外验证（如合成肽段重检、靶向PRM/MRM验证），以排除De novo算法可能产生的序列误判（例如同分异构体混淆或低质量谱图推断错误）。
四、实际应用中的意义
1、DeNovo only peptides表常用于：
（1）发现新蛋白质或突变体；
（2）辅助修补基因组/转录组注释的漏洞；
（3）优化数据库以提升后续搜库效率。
2、DB peptides表则用于：
（1）常规蛋白质定性/定量分析；
（2）基于已知功能的通路富集或互作网络构建。
五、补充注意事项
部分分析流程会将两类结果整合（如“Hybrid approach”：De novo结果补充到数据库中再搜库），以平衡灵敏度和假阳性率。若工具链允许，建议交叉验证（如De novo结果与数据库搜索的“开放修饰”模式联用）以提高覆盖度。
百泰派克生物科技--生物制品表征，多组学生物质谱检测优质服务商
相关服务：
How to order?
