请问蛋白质组学测序同一样品需要设置多个重复吗？

在蛋白质组学测序中，即使对同一样品进行分析，设置多个重复（包括技术重复和生物重复）是必要的。在蛋白质组学实验中通常会采用生物学重复和技术重复两种方式。

 

一、生物学重复（Biological Replicates）

定义：指不同生物个体的样品重复，如不同实验动物、不同患者的组织样品、不同细胞培养瓶的细胞等。

1、推荐设置

（1）蛋白质组学研究通常至少需要 3-5 个生物学重复。

（2）如果样本异质性较大（如肿瘤组织），推荐增加到6-10 个重复以提高统计学效能。

 

2、作用

（1）评估生物个体间的真实变化。

（2）提高统计学分析的置信度，减少个体差异的影响。

 

二、技术重复（Technical Replicates）

定义：指同一样本的重复测定，例如：

• 同一个样本，跑 2-3 次 LC-MS/MS
• 同一样本，进行独立酶解后测定
• 同一样本，不同质谱仪或不同时间点重复测量

 

1、推荐设置

（1）至少2-3 个技术重复，以减少 LC-MS 数据的随机误差。

（2）DIA（数据非依赖采集）模式下通常不需要多个技术重复，但 DDA（数据依赖采集）模式可能需要更多技术重复以提高蛋白覆盖度。

 

2、作用

（1）评估实验流程的稳定性，减少质谱仪的波动影响。

（2）确保数据的再现性，减少蛋白鉴定的随机性。

 

三、总结

1、生物学重复是必须的，通常≥3-5 个，对于高度异质性样本可考虑6-10 个。

2、技术重复有助于提高测定精度，一般2-3 次即可，DIA 方案通常不需要多个技术重复。

3、选择合适的重复数，取决于研究目的、蛋白丰度范围以及统计学需求。

 

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