DDA蛋白质组学、DIA蛋白质组学与靶向蛋白质组学在数据获取方式上有何差异，他们的优点和局限性分别是什么？

DDA-数据依赖性采集：经典鸟枪蛋白质组学。质谱仪选择MS1中最高强度的离子进行MS2电离。优点：无偏倚的蛋白质检测。无需事先假设。缺点：由于不同的肽段在不同的运行中检测到，所分析的蛋白质重复性低，批量效应大。同样导致许多数据丢失。在确定检测样本中含量最高的蛋白质时误差较大，尤其是对蛋白质浓度动态范围波动很大的血浆样品来说。DIA-数据独立采集：“滑动窗口”选取一定质荷比范围的MS1离子进行后续的MS2分析，从而实现所有离子的扫描分析。优点：无偏倚的蛋白质检测。无需事先假设。可检测大量蛋白质。缺点：获取的数据太多导致分析数据的速度下降。由于收集了太多的数据，需要进行复杂的数据分析来获取单个肽的强度，通常使用肽段数据库来实现这一目的。靶向MS：对目标肽进行任意类型的质谱分析，实际上通常是SRM或PRM，可能具有稳定同位素标准（SIS）。优点：批量效应较少。SIS可实现更好的量化，甚至绝对量化。重复性好，数据缺失少。缺点：需要开发靶向分析。在实验之前，需确定要分析哪些蛋白质。SIS价格昂贵。



相关服务:
• DIA定量蛋白质组学