从谱库搜索中最终可鉴定出多少肽？是mProphet决定了确定的肽的鉴定吗？

我们没有计算过这个数字，同时此数据库目的不是最大化这个数值。相反，我们只是展示如何使用Skyline软件并依靠该工具比较得出它与其他工具验证后的数据匹配性和可行性。mProphet算法可自动分配q值，并由您来设置您的q值截止值以实现“自信识别”，其中1% FDR是一个较为常见的截止值。我们打算在未来使用诱饵分布和Storey-Tibshirani算法（与mProphet一样）将q值分配给默认的Skyline分数。mProphet可以被认为是一个由2 部分组成的方法（非常类似于Percolator工具），第 1 部分：特征系数训练以生成模型/特征权重集，第 2 部分：用得到的方程对所有峰进行评分并分配 q 值。第 2 部分可应用于Skyline默认使用的固定权重，但尚未完成，将来可能会往这个方向发展。

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