做有参的转录组对比到参考基因组对比度只有38%，然后重新做了无参转录组。能直接用无参的数据，筛出来的基因做qpcr吗？

对于后续的qPCR实验，可以直接使用无参转录组筛选出的基因。但是需要注意的是，由于无参转录组的数据是通过 de novo 组装得到的，可能会存在一些假阳性结果，因此在做qPCR实验前，最好先进行一些验证实验，例如Sanger测序，来确认这些基因的存在。

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