PLS-DA得分图（如图1）中的横纵坐标代表什么含义？

在PLS-DA（偏最小二乘判别分析）得分图中：

• 横坐标（X轴）：通常表示第一主成分（PC1），它是数据变异性最大的方向。该轴上的值是样本在这个方向上的投影，反映了最主要的变异来源。
• 纵坐标（Y轴）：通常表示第二主成分（PC2），它是数据在与第一主成分正交的方向上变异性次大的方向。该轴上的值是样本在这个方向上的投影，反映了次主要的变异来源。



图1. PLS-DA 得分图

 

图1中：

• 第一主成分（PC1）解释了93.6%的数据变异，这意味着大部分数据的差异可以通过PC1来解释。
• 第二主成分（PC2）解释了4.15%的变异，它捕捉了除PC1外的主要变异。

 

从图中可以看出，红色菱形（Sham组）和蓝色三角形（Model组）在PC1和PC2上的分布有一定程度的分离，这意味着两组在这两个主成分上有区分。如果分离程度很高，表明两组在这些成分上差异显著，反之，则差异不明显。在这个例子中，两组似乎在PC1上有一些分离，但仍有重叠区域。

 

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