如何从GO和KEGG富集分析中筛选与研究目的相关的通路？应该用什么思路去做？有推荐的查询网站吗？

利用GO和KEGG富集分析筛选与研究目的相关的通路可以参考以下思路：

 

1.理解研究背景和目标：

在开始富集分析之前，首先要明确你的研究目标和假设。了解你想要探究的生物过程、疾病或条件，以帮助你识别出最相关的通路。

 

2.进行GO和KEGG富集分析：

使用适合你的实验数据的生物信息学工具进行GO和KEGG富集分析。这些分析将识别出在你的实验条件下显著上调或下调的基因集合中富集的生物学过程、细胞组分和分子功能（GO），以及相关的代谢或信号传导通路（KEGG）。

 

3.评估统计显著性：

富集分析的结果通常会包括一个p值或校正后的p值（如FDR，错误发现率），表示每个通路与随机期望相比的显著性水平。可以选择那些具有显著统计意义的通路作为进一步分析的候选。

 

对于筛选出的通路，可以查阅相关文献以了解这些通路在你研究的生物学背景中的已知作用，有助于验证富集分析的生物学意义，并可能揭示新的研究方向。

 

推荐的资源包括：

• Gene Ontology (GO)：http://geneontology.org/
• KEGG PATHWAY Database：https://www.genome.jp/kegg/
• DAVID：https://david.ncifcrf.gov/
• STRING：https://string-db.org/

 

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