请问蛋白之间不同作用模式在string哪里才能看到呀?
在STRING数据库中,蛋白质之间的不同作用模式可以通过“交互网络”视图来查看。具体来说,STRING数据库提供了多种蛋白质相互作用模式,包括直接相互作用、间接相互作用和共表达等。
要查看这些作用模式,您可以按以下步骤操作:
一、访问STRING数据库
进入STRING数据库的官方网站:https://string-db.org/
二、创建或搜索蛋白质网络
在搜索框中输入感兴趣的蛋白质的名称、基因名、或者UniProt ID等,然后点击搜索。如果有多个物种的蛋白质相同,可以选择您研究的物种。
三、查看蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络
搜索结果页面将显示一个蛋白质相互作用网络图。每个蛋白质通过线条与其他蛋白质连接,线条的不同表示不同的相互作用类型。
四、查看不同的相互作用模式
1、在STRING中,蛋白质相互作用的类型分为以下几种
(1)实验验证的相互作用:这些相互作用是通过实验方法(如免疫共沉淀、酵母双杂交等)验证过的。
(2)预测的相互作用:这些相互作用是通过计算方法预测的,可能基于基因同源性、共同表达、基因共定位等信息。
(3)数据库和文献数据:包括通过其他数据库(如IntAct、BioGRID等)和文献资料收集的相互作用数据。
(4)共表达/基因组关联:一些相互作用是基于基因表达数据的分析,蛋白质可能在同一生物过程中或通路中共同表达,因此推测它们之间存在相互作用。
2、您可以通过图形界面右上方的过滤器调整相互作用的种类
(1)Interactome:显示所有预测的相互作用。
(2)Experimentally validated:仅显示实验验证的相互作用。
(3)Databases:来自不同数据库的相互作用。
(4)Text mining:基于文献挖掘的数据。
五、查看具体的作用模式
1、点击网络节点:当您点击某个蛋白质节点时,您可以查看该蛋白质的详细信息,包括它与其他蛋白质的相互作用模式(如直接相互作用、共表达关系等)。在该蛋白质的详细信息中,可以查看它的功能注释、可能的作用方式和参与的生物过程。
2、网络分析选项:在网络视图中,您还可以通过不同的可视化选项来查看相互作用的不同方面。可以选择显示哪些类型的相互作用(如实验验证的、预测的等),还可以通过网络分析选项筛选出特定类型的蛋白质或相互作用。
六、 查看通路和功能模块
1、分析通路和生物过程:STRING会根据输入的蛋白质生成一个包含相关通路和生物过程的信息视图。您可以查看这些蛋白质所属的信号通路、代谢通路等。通过这些信息,您可以进一步理解蛋白质的作用模式,尤其是它们在细胞内的功能和作用。
2、Functional Enrichment:您还可以查看蛋白质参与的功能富集分析结果,这有助于您了解这些蛋白质在不同生物学过程、分子功能或细胞组件中的作用。
七、下载和进一步分析
1、下载数据:STRING提供了导出网络数据和图像的功能。您可以将相互作用数据下载为多种格式(如TSV、CSV、PNG等),并用于进一步的分析。
2、进一步分析:通过与其他生物信息学工具结合,您可以对相互作用数据进行更深入的分析,如蛋白质-蛋白质网络分析、模块分析等。
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