RNA-seq 中生物重复与测序深度的权衡
在RNA-Seq实验设计中，生物重复和测序深度是两个关键的参数，它们对数据质量和解释结果的可靠性都有重要影响。理解它们之间的权衡是实验设计的重要部分。
生物重复是指独立取样的个体数目。它对于估计生物过程中的变异性非常重要，有助于增强研究结果的统计力。更多的生物重复可以提高对实验条件下基因表达差异的检测能力，因为它们帮助区分生物变异和技术变异。
测序深度是指对RNA样本进行测序的覆盖率，即平均每个转录本被测序读取的次数。测序深度影响基因表达水平的估计准确性和检测低丰度转录本的能力。高测序深度可以提高数据的分辨率，但随之而来的是成本的增加。
增加生物重复通常比增加测序深度更能提高研究的统计功效，尤其是在鉴定基因表达差异时。在有限的预算下，通常建议优先选择增加生物重复的数量，而非追求非常高的测序深度。但是，如果研究目的是发现非常低丰度的转录本，或者分析异质性极高的样本，那么适当的高测序深度可能更为重要。在实验设计时，研究者需要根据研究目的、预算限制和必要的统计功效来平衡生物重复和测序深度的数量。
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