kegg 结果怎么分析？

KEGG分析后，你会得到一个表格和通路图：




1.KEGG通路表格基本信息：

• Pathway Name: 该列显示通路的名称，即通路描述。
• Pathway ID: 该列为每个通路提供一个独特的标识符，例如hsa04110（代表人类细胞周期通路）。
• p-value: 这是统计测试的结果，表示你的基因集与特定通路之间的关联显著性。较小的p-value意味着更高的显著性。
• Count: 这是在你的基因列表中与该通路关联的基因数量。
• Gene list or Ratio: 列出了与该通路关联的基因或显示关联基因数与通路中总基因数的比例。



2.KEGG通路图基本信息：

• 颜色编码：通常，与你的基因集匹配的基因或蛋白质在图上会被高亮或以特定颜色显示。例如，红色可能表示在你的基因列表中的基因。
• 图形元素：箭头、线和其他形状表示基因或蛋白质之间的相互作用和关系。例如，箭头可能表示一个蛋白激活另一个蛋白。



3.如何解读：

• 显著性：查看p-value，以确定哪些通路与你的基因列表显著相关。经常会有经过校正的p-value，例如FDR，这是考虑到多重测试的。
• 通路中的关键基因：在KEGG通路图上，高亮或特别着色的部分表示与你的基因列表匹配的基因。这些基因是你列表中与该通路特别相关的基因。



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