转录组测序多少测序数据量合适?

    转录组测序(RNA-seq)所需的测序数据量取决于你的实验目标和研究类型,以下数据可供您参考:


    1.基因表达定量:

    对于基本的基因表达水平定量,通常每个样本需要至少30-50 million paired-end reads。


    2.差异表达分析:

    进行差异表达分析时,通常建议至少20-30 million paired-end reads per sample,以便能够可靠地检测和定量表达水平差异。


    3.新转录本发现和剪接变体分析:

    如果目标是发现新转录本或分析剪接事件,则可能需要更高的测序深度,通常是至少50-100 million paired-end reads per sample。


    4.稀有转录本检测:

    对于检测低丰度转录本,可能需要更深的测序,例如100 million以上的paired-end reads。


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