请问转录组测序，不同物种中的某些特定基因的基因表达量该怎么计算？
- 使用质量控制工具（例如FastQC）对原始测序数据（FASTQ文件）进行评估，以检查测序质量，重复内容，接头污染等。
- 基于质量控制报告，用序列清理工具（例如Trimmomatic或cutadapt）去除低质量序列，接头等。
- 选择一个合适的参考基因组和/或转录组，并下载相应的序列和注释文件。对于不同物种，你需要各自物种的参考序列。
- 使用比对工具（例如HISAT2、STAR或Bowtie2）将清理后的读段（reads）比对到参考基因组上。这一步会产生SAM或BAM格式的文件，其中包含了读段与参考基因组的比对信息。
- 使用特定于转录组的工具（如HTSeq或featureCounts）从比对文件中提取基因表达计数数据。这些工具会根据读段比对到参考基因组的哪些基因来计算每个基因的读段计数（即每个基因的覆盖读段数）。
计算不同物种中特定基因的表达水平，可以参考一下方法：
1.质量控制和数据清理:
2.读段比对:
3.计数:
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