生信分析FAQ汇总

• • 研究未知细菌代谢产物及其通路（细菌的基因序列无人注释），想药物作用后kegg和go分析，测序后的数据能直接在kegg网站分析吗？

  对于一个尚未被详细探究的细菌的代谢产物及其通路的研究，尤其是在基因序列未被注释的情况下，直接利用KEGG和GO进行分析会面临一些挑战。以下是您需要考虑的关键步骤和问题： 1.基因组测序和注释： 首先，需要对该细菌进行全基因组测序。得到原始测序数据后，您需要进行基因组的组装和注释。比如使用软

• • KEGG差异代谢产物通路怎么分析啊

  要分析KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）差异代谢产物通路，可以参考以下步骤： 1.数据收集： 首先，需要收集和准备差异表达基因或差异代谢产物的数据。这些数据通常来源于转录组或代谢组学实验。 2.数据预处理： 对收集的数据进行必要的预

• • RNA-Seq归一化问题

  RNA-Seq归一化问题是处理和分析高通量测序数据时的关键步骤。这个过程的目的是消除样本间测序深度和技术偏差，以确保数据可比性，让基因表达量的比较更加准确和有意义。 常见的归一化方法有： 1.FPKM (Fragments Per Kilobase of transcript per M

• • RNA-seq中的那些统计学问题(一)为什么是负二项分布?

  RNA-Seq（RNA测序）是一种利用深度测序技术来测量样本中的RNA表达量的方法。在RNA-Seq数据分析中，统计学问题是至关重要的一环，特别是在模型假设和表达量差异的统计推断上。一个关键的统计学问题是：为什么RNA-Seq计数数据使用负二项分布来建模？主要原因有以下几点： 1.离散性和

• • 转录组测序和RNA-seq的不同是什么

  转录组测序和RNA-seq通常指的是同一种技术。 在某些文献中，"转录组测序"可能被用来泛指一切类型的转录组学研究方法，包括RNA-seq和其他可能的转录组测序方法（如单细胞RNA-seq、靶向RNA测序等）。但在大多数情况下，转录组测序特指利用高通量测序技术进行的转录组学研究，即RNA-

• • RNA-seq 中生物重复与测序深度的权衡

  在RNA-Seq实验设计中，生物重复和测序深度是两个关键的参数，它们对数据质量和解释结果的可靠性都有重要影响。理解它们之间的权衡是实验设计的重要部分。 生物重复是指独立取样的个体数目。它对于估计生物过程中的变异性非常重要，有助于增强研究结果的统计力。更多的生物重复可以提高对实验条件下基因表

• • rna-seq技术是什么

  RNA-Seq（RNA sequencing）是一种利用高通量测序技术来研究细胞中RNA的存在和数量的方法。它能够在全基因组范围内提供单核苷酸分辨率的信息，用于识别、定量和描述转录本。这项技术已经成为功能基因组学研究中基因表达分析的主要工具，因为它比传统的基于探针的芯片技术具有更高的通量、更

• • RNA-seq 数据量化

  RNA-seq数据量化是指在RNA-seq实验中将原始测序数据（通常是读段，即reads）转化为表达量的过程，旨在确定每个基因或转录本在给定样本中的表达水平，这个过程包含几个关键步骤： 1.读段（Reads）质量控制： 在进行量化之前，首先需要对原始测序读段进行质量控制。这通常涉及去除低质

• • 请问我现在通过tbtools富集分析，它的结果中数据有很多，我该怎么筛选呢

  当您使用TBtools进行富集分析后，通常会得到一组大量的数据。你可以从这几个方面筛选这些数据的： 1.设定显著性阈值： 首先，你需要设定一个显著性阈值，例如 p 值或者调整后的 p 值（如 FDR，False Discovery Rate）。这个阈值会帮助你识别那些统计上显著的结果。

• • 请问代谢通路富集少于三条怎么办呀

  如果在分析中发现富集的代谢通路少于三条，可以采取以下几种策略： 1.检查数据质量： 首先应确保实验数据的质量是高的。数据质量差可能会导致无法检测到有效的信号。使用更精确的测量方法或重新测量样本可能有助于提高数据质量。 2.调整统计参数： 检查富集分析中使用的统计方法和阈值。例如，调整p值