分子量约为29KD的目标蛋白通过WB进行鉴定，是否可以直接运行单向 SDS-PAGE，然后切胶进行肽质量指纹图谱（PMF）？

使用 SDS-PAGE 分离然后切胶进行 PMF 是完全可行的。但是PMF比对是肽图谱，存在一定的假阳性概率，所以对蛋白纯度要求比较严格。因此，建议将 SDS 凝胶跑掉，以确保切出的蛋白凝胶不受其他蛋白凝胶的影响。另外，切胶时要注意不要被角蛋白等杂蛋白污染。PMF鉴定效率高于N端测序，且价格更低。如果蛋白质的数量和纯度足够，PMF结果将同样可信。



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