LCMS中比较Bottow-up和Top-down两种方法

Bottow-up和Top-down是利用质谱技术研究蛋白质组学的两种不同的策略。Bottow-up“自下而上”策略是通过肽段层面来研究蛋白质，大致思路是先将蛋白质通过蛋白酶消化成小分子肽段，然后对分离纯化后的小分子肽段进行质谱或串联质谱分析，再通过质谱或串联质谱的碎片信息推导出肽段的序列或分子质量，根据肽段消化的规律最终推断出整个蛋白质的序列或分子质量信息。

Top-down“自上而下”策略与“自下而上”策略相反，“自上而下”策略直接研究完整的蛋白质。大致研究思路是将蛋白质分离纯化后使用质谱选择特定的质荷比（m/z） 的蛋白，直接对蛋白质进行MS1、MS2甚至MS3检测，然后根据碎片信息推断蛋白的分子质量或组成。

LCMS液相色谱-串联质谱技术将色谱的分离和质谱的选择性结合起来，为蛋白质组学研究提供了强有力的分析工具。LCMS“自下而上”和“自上而下”方法就是分别利用“自下而上”和“自上而下”策略进行蛋白质分析。Top-down LCMS策略不需要进行蛋白质消化，简化了样品的制备过程，可以进行高通量筛选，但其对质谱仪的分辨率要求较高。Bottow-up LCMS策略分辨性高，可同时对多个蛋白进行分析，但实验步骤较繁琐，数据分析量也更大。

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