多组学分析FAQ汇总
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• 三代全长16s,DADA2怎么和QIIME2结合分析呢?能展示一下详细的分析流程吗?
要结合使用 DADA2 和 QIIME2 分析三代全长16S rRNA序列数据,可以遵循以下步骤: 1.安装和设置: 确保已安装最新版本的 QIIME2。可以在其官网上找到安装指南。 DADA2 已作为 QIIME2 插件包含在内,无需单独安装。 2.数据导入: 使用 qiime
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通过三代测序技术得到16S rRNA全长序列后,可以使用以下这些软件进行数据分析: 1.QIIME 2 广泛用于微生物组数据分析,支持从质量控制到操作分类单元(OTU)分析和多样性评估的全流程。 2.Mothur 同样适用于16S rRNA序列数据的分析,提供了一套完整的工具来处
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• 真核无参转录组测序:unigene和.cds有什么区别?
Unigene和CDS在真核无参转录组测序中分别代表了不同的概念和数据类型。1.“Unigene”: Unigene是一个用于基因注释的数据库,通过整合多个来源的EST和mRNA序列来构建,并按照基因进行聚类和分类。该数据库主要用于提供基因序列和相关注释信息的整合和分类,有助于研究人员更深入
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• 真核桔梗无参转录组测序筛选出关于倍半萜和三萜合成途径的差异基因之后,怎么在kegg官网的代谢图中注释出来呢
针对无参转录组数据和非模式物种(如真核桔梗)在KEGG代谢通路图中进行基因注释的问题,可以通过以下步骤解决: 1. 基因功能预测 首先,使用BLAST比对(比如BLASTx)将你的转录本序列与已知的蛋白质数据库(如NCBI non-redundant或UniProt)进行比对,以预测你的
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在-20度的条件下,土壤样本可以存放一段时间,但这个时间长度取决于您希望分析的转录和代谢物的稳定性。通常,为了保持RNA和代谢物的稳定性,推荐以下几点:1.转录分析 RNA在土壤样本中相对不稳定,因此,尽量在采样后立即进行RNA提取或使用RNA稳定剂处理后冷冻。如果必须冷冻,建议使用-80°
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• 只有代谢物的分析结果怎么可以与蛋白质联系起来?用metaboanalysis可以吗
将代谢物的分析结果与蛋白质联系起来,主要是通过理解代谢物在生物学途径中的角色以及这些途径是如何被相应的酶(蛋白质)调控的。具体方法如下: 1. 代谢途径和信号通路分析: 通过识别代谢物和蛋白质(特别是酶和调节蛋白)参与的共同代谢途径和生物学信号通路,可以将两者联系起来。使用KEGG、
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蛋白质与miRNA靶点的交叉分析是一种重要的生物信息学研究方法,用于探索蛋白质和miRNA之间的潜在相互作用和调控关系。这种分析通常需要综合使用多个数据库和分析平台,以下是一些可以用于进行蛋白质与miRNA靶点交叉分析的资源和工具: 1.TargetScan: 是一个预测哺乳动物miRN
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• 做有参的转录组对比到参考基因组对比度只有38%,然后重新做了无参转录组。能直接用无参的数据,筛出来的基因做qpcr吗?
对于后续的qPCR实验,可以直接使用无参转录组筛选出的基因。但是需要注意的是,由于无参转录组的数据是通过 de novo 组装得到的,可能会存在一些假阳性结果,因此在做qPCR实验前,最好先进行一些验证实验,例如Sanger测序,来确认这些基因的存在。 百泰派克生物科技--生物制品表征
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• 无参转录组筛出来的差异基因能直接设计引物跑qpcr吗?都是同一个材料,能直接跑还是需要克隆?
无参转录组筛选出来的差异基因可以直接用于设计引物进行qPCR验证,不必须进行克隆。你需要做的是基于差异表达基因的序列信息设计特异性引物,然后在相同的材料中通过qPCR验证这些基因的表达差异。确保引物的设计针对的是转录组数据中鉴定的特异区域,且要验证引物的特异性和效率,以确保qPCR结果的准确
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转录组测序(RNA-Seq)的样本量计算主要取决于研究目的、样本类型、测序深度以及预期的数据分析方法。 1.研究目的: 基础研究、差异表达分析、稀有转录本检测或特定基因表达分析等不同目的影响所需样本量。 2.样本类型: 如人类、动物、植物或微生物样本,以及样本的异质性。异质性高的样本
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